Siklósbodony és környéke már a honfoglalás előtt lakott hely volt. Erre utal a falu területén fekvő régi földvár is. Nevét az oklevelek 1295-ben már említették Bodun alakban írva. 1290–1300 között Budun, 1332–1335 között Sudun, Bundunh(er), Budun és Budu alakban írták.

Siklósbodonyt (Bodony) a Győr nemzetséghez tartozó Óvári Konrád jobbágyai és rokonsága lakták, akiknek 1295-ben Nadicán volt szőlőbirtokuk. 1300 körül Jakab istván faluja, akkori falunagya szintén Jakab nevű volt. Egy 1304-ből fennmaradt oklevél szerint a Szőllősi nemesek megengedték Ambrus fia Jakab ispánnak, hogy velük szomszédos bodonyi földrészt megvásároljon, azzal a kikötéssel, hogy az ő földjükből nem vásárolhat és nem foglalhat el. Az 1332-es összeírás szerint papja 30 bani, 1334-ben pedig 19 báni pápai tizedet fizetett. A falu a 15. században a Siklósi vár tartozéka volt. A török időkben elnéptelenedett falu lakói Babarcszőlősre költöztek át. A település csak a Rákóczi-szabadságharc után népesült be újra. Az újranépesült falu főleg az egykori földvár és az 1754-ben épült templom köré telepedett le. Az 1770-es években a Batthyány család birtoka lett.

Siklósbodony a 20. század elején Baranya vármegye Szentlőrinczi járásához tartozott.